収集運搬と処分の契約書は1枚で足りますか？

ポイントは「紙が物理的に何枚か」より、排出事業者が、収集運搬の委託先と処分の委託先それぞれについて、法定事項を満たす委託契約を締結しているかです。

収運会社と処分会社が別なら、両者の許可範囲・契約期間・廃棄物種類・数量・運搬先・処分方法等が整合していることを確認します。三者契約等の書式を使う場合でも、必要な契約関係と法定記載事項が欠けないことが前提です。

マニフェストは契約の代わりではありません。契約を先に整え、その内容どおりに処理されたかをマニフェストで追う、という順序で管理してください。